故事围绕着主角卫宫士郎展开，士郎是一名勤奋而纯朴的高中生，意外地参加了名为第五次圣杯战争的生死之战，一场由七名被称为“master”（御主）的魔术师召唤出“servant”（从者）并签订契约，为争夺万能的许愿机“圣杯”而互相厮杀的战争。“servant”是传说中的英雄，为夺取圣杯被召唤于现世，被分成七个职阶：Saber、Lancer、Archer、Rider、Caster、Assassin、Berserker，每个职阶都有其特殊的能力和作战方式。

士郎是故事开始的十年前发生的火灾的幸存者，在火灾中失去双亲后被一个名叫卫宫切嗣的魔术师所救，并收为养子。士郎因自己没能救下那些死去的人而有着强烈的幸存者的负罪感，这与从养父得到的救赎结合，成为了他对正义与和平的强烈渴望。得知养父是一名魔术师后，士郎一直缠着他教授魔术，但切嗣认为士郎不需要魔术而不愿教他，后来受不住士郎的乞求而教授他基本的投影和强化魔术。他认真地训练自己的身体和微不足道的魔术能力以帮助他人。几年后切嗣去世，在养父去世前，他被告知切嗣未能实现成为“正义的伙伴”的理想，挽救尽可能多的人，士郎承诺会继承他的理想。对养父的理想的追求成为了他的生活方式，由于强烈的幸存者负罪感，他受不了见死不救，别人请求帮助一般不会拒绝。

2004年2月2日晚，士郎在帮忙打扫弓道社时偶然目睹了两名servant——Archer和Lancer间的战斗。被发现后，他被Lancer追杀灭口，濒死之际幸得Archer的master远坂凛用父亲留下的吊坠所救。而他没死的事很快被Lancer知道，清醒后刚到家不久就被Lancer追杀。此时Archer和凛正赶来营救士郎。士郎为躲避追杀，慌乱中逃进了平日用于练习魔术的仓库里寻找武器，就在即将被杀之前，他意外地召唤出了他的servant——Saber，后者将Lancer击退。召唤结束后，士郎的手上出现了名为“令咒”的红色印记，这是三道让从者服从的绝对命令，也意味着他正式成为了master。Saber迫使Lancer逃离后，Archer和凛已经赶到，而Saber将其视为敌人，将Archer迅速击退后，Saber准备将凛杀死，但士郎意外地使用令咒阻止了她。从凛口中得知圣杯战争的机制后，士郎和凛决定结成联盟，共同对抗其他master。通过担任圣杯战争监督人的神父言峰绮礼，得知十年前的灾难正是上次圣杯战争的产物后，士郎同意以master的身份参与战争，以防止其他御主造成进一步的灾难，导致悲剧再度重演。